三氟乙酸，化學(xué)式為CF3COOH，分子量為114.02，如與二硫化碳合用，可溶解蛋白質(zhì)。
三氟乙酸（TFA）是一種強羧酸。pKa=-0.23。只有輕微的毒性，TFA經(jīng)歷微生物降解產(chǎn)生溫室氣體CHF3。
受吸電子性的三氟甲基的影響而有強酸性，酸性比乙酸強十萬(wàn)倍。三氟乙酸在苯胺存在下分解成氟仿和二氧化碳。
能被硼氫化鈉或氫化鋁鋰還原為三氟乙醛和三氟乙醇。在205℃以上穩定，酯類(lèi)和酰胺類(lèi)衍生物容易水解，因此能以酸或酸酐的形式，制取糖類(lèi)、氨基酸和肽類(lèi)衍生物。容易在五氧化二磷作用下脫水為三氟乙酸酐。

化學(xué)反應式：CF3COF+H2O=CF3CO2H+HF

用作醫藥、農藥中間體、生化試劑、有機合成試劑。三氟乙酸用于合成含氟化合物、殺蟲(chóng)劑和染料。是酯化反應和縮合反應的催化劑；羥基和氨基的保護劑，用于糖和多肽的合成。還用作選礦劑。用于有機合成。
三氟乙酸是一種重要的脂肪含氟中間體，由于含有三氟甲基的特殊結構，因此使其性質(zhì)不同于其他醇類(lèi)，可以參與多種有機合成反應，尤其用于合成含氟的醫藥、農藥和染料等領(lǐng)域，國內外需求量越來(lái)越大，已成為含氟精細化學(xué)品的重要的中間體之一。
主要用于新型農藥、醫藥和染料等的生產(chǎn)，在材料、溶劑等領(lǐng)域也有較大的應用開(kāi)發(fā)潛力。三氟乙酸主要用于合成多種含三氟甲基和雜環(huán)的除草劑，可以合成多種帶有吡啶基、喹啉基的新型除草劑；作為極強的質(zhì)子酸，它廣泛用于芳香族化合物烷基化、酰基化、烯烴聚合等反應的催化劑；作為溶劑，三氟乙酸是氟化、硝化及鹵代反應的優(yōu)良溶劑，特別是其衍生物三氟乙酰基對羥基和氨基的優(yōu)良保護作用，在氨基酸和多肽化合物合成方面有著(zhù)非常重要的應用，用于多肽合成中除去氨基酸的叔丁氧羰基（t-boc）保護基；三氟乙酸作為制備離子膜的原料和改性劑，可大幅提高燒堿工業(yè)電流效率，延長(cháng)膜的使用壽命；三氟乙酸還可合成三氟乙醇、三氟乙醛和三氟乙酐。室溫下三氟乙酸汞使氟苯起汞化反應（親電取代），也可將腙轉化為重氮化合物。此酸的鉛鹽可將芳烴轉化為酚。

可部分溶解二硫化碳和六碳以上烷烴，是蛋白質(zhì)和聚酯的優(yōu)良溶劑。它也是有機反應的優(yōu)良溶劑，可獲得在一般溶劑中難以獲得的結果，例如喹啉在一般溶劑中催化氫化時(shí)，吡啶環(huán)優(yōu)先氫化，但在三氟乙酸中苯環(huán)優(yōu)先氫化。三氟乙酸在苯胺存在下分解成氟仿和二氧化碳。

在HPLC中的應用：
在反相色譜分離多肽和蛋白質(zhì)的實(shí)驗中，使用三氟乙酸（TFA）作為離子對試劑是常見(jiàn)的手段。流動(dòng)相中的三氟乙酸通過(guò)與疏水鍵合相和殘留的極性表面以多種模式相互作用，來(lái)改善峰形、克服峰展寬和拖尾問(wèn)題。三氟乙酸與多肽上的正電荷及極性基團相結合以減少極性保留，并把多肽帶回到疏水的反相表面。以同樣的方式，三氟乙酸屏蔽了固定相上殘留的極性表面。三氟乙酸的行為可以理解為它滯留在反相固定相的表面，同時(shí)與多肽及柱床作用。
三氟乙酸優(yōu)于其他離子修飾劑的原因是它容易揮發(fā)，可以方便地從制備樣品中除去。另一方面，三氟乙酸的紫外最大吸收峰低于200nm ，對多肽在低波長(cháng)處的檢測干擾很小。
改變三氟乙酸的濃度，可以細微地調整多肽在反相色譜上的選擇性。這一影響對于優(yōu)化分離條件、增大復雜色譜分析（如多肽的指紋圖譜）的信息量是非常有益的。
三氟乙酸添加在流動(dòng)相中的濃度一般為 0.1% ，在這個(gè)濃度下，大部分的反相色譜柱都可以產(chǎn)生良好的峰形，當三氟乙酸濃度大大低于這個(gè)水平時(shí)，峰的展寬和拖尾就變得十分明顯。
三氟乙酸在分離蛋白等大分子的時(shí)候效果很好，在實(shí)際使用中，大家對于三氟乙酸的濃度都很難控制好，因為它是揮發(fā)性的物質(zhì)，如果配置時(shí)間長(cháng)了，就會(huì )揮發(fā)一些，改變了濃度。配制好以后一定要封閉好，防止揮發(fā)。